クリ（Castanea crenata Siebold et Zucc.）は日本で栽培化された唯一の果樹種であり、古代から人々の生活の一部となってきた。クリ属では栽培品種から天然林への遺伝子流動が普通に起きているため、遺伝的多様性を正しく解釈することを妨げている。クリの遺伝的関係と育種史を明らかにするために、4つの栽培品種集団と41の野生集団を使用して、クリの集団構造、遺伝子流動の方向、個体の動態を分析した。階層的集団構造解析の結果、集団はK = 3で九州、南西日本、北東日本のクラスターに大まかに分かれ、K = 4で栽培品種クラスターが分化することが明らかになった。関東地方では栽培品種と野生個体間の双方向の遺伝子流動が検出されたが、丹波地方では栽培品種から野生集団への一方向の遺伝子流動のみが検出された。近似ベイズ計算によって推定された最も可能性の高いシナリオは、九州クラスターが最初に分岐し、その後南西日本、東北日本、栽培品種クラスターが同時に分化したというものでした。 世代時間を 20 年と仮定すると、最初の分岐は約 5 万年前で、最終氷期極大期 (LGM、21,000～18,000 年前) より前であった。他のクラスターは約 2 万年前の LGM 中に分岐しており、栽培品種の長い育種の歴史を示していいる。この研究で得られた結果は、クリの歴史に関する新たな考察を提供し、日本クリの育種と保全の両方に役立つであろう。
