DNA topoisomerase IIβ（Topo IIβ）は、核マトリックスタンパク質hnRNP U/SAF-A/SP120（SP120）とRNA依存的な複合体を形成し、神経関連遺伝子の発現を制御していることが示唆されているが、その詳細な分子メカニズムは未解明である。本研究では、Topo IIβのSP120との相互作用領域、および相互作用に関わるRNAの特徴を明らかにすることを目的として、精製タンパク質を用いた試験管内結合実験を行った。Topo IIの各種変異体を用いた解析の結果、C末端領域（CTD）を欠失させたΔCTD（1-1201領域）においても野生型（WT）と同様にSP120との結合が認められたが、CTDがSP120との結合効率を高めている可能性が示された。さらに1-1201領域を分割したフラグメントを用いた解析により、Topo IIβのN末端側の1–734領域がSP120と相互作用することを新たに見出した。異種生物由来のRNAを用いた検討では、WTで見られたRNAの由来による結合効率の違いがΔCTDでは消失した。以上の結果から、Topo IIβの1–734領域とCTDがSP120との結合において協働的な役割を果たしていることが示唆された。
